Проблема:
При подключении второго монитора как отдельного экрана (separate X screen) появилась ошибка что не могу запустить область уведомления, после чего индикатор раскладки пропал с панели задач и стал висеть отдельным окошком.

Решение:
Нажать на панели задачь правой кнопкой мышки, выбрать “Add to panel” и добавить объект notification area.

Причина:
Пока не исследовал, по симптомам похоже, что создаются два одинаковых объекта на панелях (при разделении мониторов на разные экраны создаются раные панели), а индикатор выводтся как раз в эту область.