Попробовал использовать db4o для хранения внутренней системы сообщений. В результате оказалось, что поля, ссылающиеся не на какой-то примитивный тип не индексируются и на 30МБ базе поиск вида: найди мне объекты, у которых поле value указывает на такой-то объект выполняется 5-6 секунд.