Опытным путем установлено:
1. Запросы вида: найти объекты, поле которого содержит ссылку на данный очень медленные (вплоть до 5-6 секунд на базе из 7.5 тыс .записей)
2. Индексы для интерфейсов не создаются
3. Поиск по индексу для полей примитивных типов (включая строку) – быстрый. Т.е. если вам нужно хранить UUID, чтобы по нему быстро искать – его надо хранить в текстовом виде.

Как смотерть базу непонятно – ObmectManager отдельный запустить не получилось, а внутри Eclipse просто перестал запускаться без видимых причин.