Я для себя понял следующее:
1. Ubuntu – самая удобная и потому резко набирающая популярность, скорее всего уже и самая распространенная
2. CentOS – самая стабильная – клон коммерческого Redhat (теперь Fedora)
3. Gentoo – собирается целиком из исходников, всё ПО тоже из исходников, за счет таких оптимизаций может чуть быстрее работает, но на домашнем компе врядли заметно. ПО ставится долго
4. FreeBSD – не Linux, но всё же. Стабильная, стройная. Возможность установки ПО из исходников или бинарными пакетами – для каждой проги на выбор. Информации и добавок меньше, чем для Linux (т.е. поковырявшись можно запустить всё – там есть режим бинарной совметимости, но из коробки часть прог для FreeBSD не идет), зато из коробки работает ZFS, что для домашнего пользования в общем почти пофиг.